Bertrand Müller est professeur d'historiographie à la Faculté des Lettres de l'Université de Genève et chargé de recherche au Fonds national suisse de la recherche scientifique, depuis 2004. Rédacteur de la Revue suisse d'histoire, de 1994 à 2004, il a fondé les Cahiers Marc Bloch et appartient au comité de rédaction de la revue Genèses.
Auteur de nombreuses publications sur l’historiographie française, Bertrand Müller a publié Lucien Febvre, lecteur et critique (Albin Michel, 2003) et dirigé L'Histoire entre mémoire et épistémologie : Autour de Paul Ricœur (Payot-Lausanne, 2005). Bertrand Müller a également édité les correspondances de Lucien Febvre et Marc Bloch, en trois volumes, aux éditions Fayard, en 1994 et en 2004.