Jean-Jacques Lefrère est l'auteur d'une biographie d'Arthur Rimbaud (Fayard, 2001). Il a également publié, toujours chez Fayard, Les Saisons littéraires de Rodolphe Darzens (1998), Isidore Ducasse, comte de Lautréamont (1998), Che Guevara, en collaboration avec Jean-Hugues Berrou (2003), Jules Laforgue (2005), les albums Rimbaud à Harrar, Rimbaud à Aden et Rimbaud ailleurs, avec Pierre Leroy et Jean-Hugues Berrou (publiés entre 2001 et 2004), Ôte-moi d'un doute. L'énigme Corneille-Molière (avec Jean-Paul Goujon, 2006), et Correspondance d'Arthur Rimbaud (2007).